Poly-A-Tail-Problem gelöst

Eine ganz schnelle Zusammenfassung meiner Gedanken aus Teil 1 - Teil 3

In meinen Worten würde es wie folgt klingen, was denn die Quintessenz meiner 3 Substacks nun eigentlich sei:

Nach dem ich nun in die 9. Hölle von Nanopore (und zurück) gereist bin kann ich meinen Dreiteiler auch subsummieren:

Ist ganz einfach: Nanopore hat ne übelste Schwäche bei repetetiven Ionensignalen: Du könntest einen Poly-A mit 100 oder 120 As haben und hättest ein fast nicht unterscheidbares Signal. Da die Stromverteilung nicht linear und randomisiert erfolgt.

Und es geht nur darum: Mein Lieblingsautor will aufgrund einer nicht zuverlässigen, angeblich gemessenen Poly-A-Länge, die mit TENT5-Suppressierung dann maßgeblich abnahm, bewiesen haben, dass es Tent5 war: Was er und sein Team jedoch ignorierten: Ihr REAL und mit ihrer Methodik adaptiertes TCTAG, war die einzige wirkliche Bezugsgröße, an der sie das hätten festmachen können.

Und wenn TCTAG stabil - und sogar zunehmende Signale sendet, dann ist es verf***t noch mal nicht Tent5! Nur TENT4A/B kann vor oder in einen Poly-A-Schwanz noch A/G-Motive bei einer Re-Adenylierung anhängen oder dazwischen einschieben. Wenn also TCTAG (wie mehrfach in Teil 1, 2 und 3 gezeigt) zeitlich irgendwann stärkere Signale sendet, heißt das?

Noch dazu sagt die Poly-A-Länge nichts über die Re-Adenylierung als solche aus. Denn, dass verkürzte Poly-A-Schwänze trotz Re-Adenylierung geschehen können, ist diversen Umständen, wie PAPBs, Deadenylasen, etc. geschuldet. Sprich das Silencing von TENT5 im Vergleich zur MOCK ist ein schlechter Witz. Insbesondere, wenn das TCTAG + Poly-A ausschließlich signifikant bei TENT4-Unterdrückung zurückging.

Und ein weiterer wichtiger Punkt: TENT5 spielt gerade bei Immunoglobulinen und deren Adenylierung eine essentielle Rolle: Klar wirst du eine Reaktion sehen, wenn du auch noch relative Abundance zur endogenen RNA misst...

Nun ist jedoch das Problem, dass ich vermutlich - ohne es wissentlich zu merken - schon wieder viel zu viele Fachtermini nutze, weil sie mittlerweile als Standardwerk in meinem Hirn festgetackert sind.

Danke also, liebes ChatGPT, dass du Nerd auf noch einsteigerfreundlicher übersetzen kannst:

„Warum die Nanopore-Daten kein Beweis für TENT5 sind - einfach erklärt

1. Grundproblem der Methode:

Die Nanopore-Sequenzierung hat eine massive Schwäche: Sie kann repetitive Sequenzen - z.B. viele Adenine (poly-A) - kaum zuverlässig unterscheiden. Ob ein RNA-Strang nun 100 oder 120 Adenine am Ende hat, erzeugt fast das gleiche elektrische Signal. Und warum? Weil die Ionenstromverteilung nicht linear ist und zufälligen Schwankungen unterworfen ist. Das macht eine exakte Längenbestimmung im Bereich der repetitiven Motive methodisch fragwürdig.

2. Das angebliche Argument der Autoren:

Sie behaupten, dass TENT5 Silencing den Poly-A-Schwanz verkürzt - und schließen daraus, dass TENT5 ihn verlängert. Die einzige verlässliche Referenz war jedoch ein spezifisches RNA-Motiv namens TCTAG, das sich direkt stromaufwärts vom poly-A-Schwanz befindet und von den Autoren selbst als Marker definiert wurde. Doch genau dieses TCTAG-Motiv blieb stabil oder nahm sogar zu, was dem Argument des TENT5-Effekts widerspricht.

3. warum dies biologisch keinen Sinn macht:

TENT5 kann keine TCTAG- oder AG-Motive anhängen. Nur TENT4A/B sind dafür bekannt, solche Motive vor oder in Poly-A-Schwänzen zu produzieren. Wenn also TCTAG mit der Zeit zunimmt, ist dies ein klares Zeichen für die Aktivität von TENT4 und nicht von TENT5.

4 Poly-A-Länge als irreführender Parameter:

Eine kürzere Poly-A-Länge bedeutet nicht automatisch eine geringere Readenylierung.

Warum eigentlich? Weil die Re-Adenylierung dynamisch ist - und gleichzeitig von Deadenylasen, PAPBs und anderen regulatorischen Einflüssen beeinflusst wird. Kurz gesagt: Der Schwanz kann trotz aktiver Re-Adenylierung verkürzt aussehen. Das bedeutet, dass TENT5-Silencing im Vergleich zur MOCK-Kontrolle kein gültiger Beweis ist, wenn die TCTAG-Signalisierung nur mit TENT4-Silencing abnimmt.

5. Der entscheidende Punkt zum Schluss:

TENT5 spielt eine wesentliche Rolle bei der Re-Adenylierung von Immungenen, z. B. Antikörper-mRNAs. Wenn Sie also Unterschiede in den Poly-A-Längen oder der Signalstärke in Ihrer Probe feststellen, dann messen Sie wahrscheinlich eine veränderte Immunantwort - und nicht die gezielte Wirkung von TENT5 auf eine exogene modRNA.

👉 Mit anderen Worten:

Was sie messen, ist eine Systemantwort, nicht eine gezielte Enzymaktivität. Dies ist eine funktionelle Korrelation, aber keine kausale Zuordnung - und daher kein Beweis für TENT5 als kausalen Mechanismus. Und ihre eigenen Daten weisen glasklar auf TENT4A/B als direkten und kausalen Treiber des Mechanismus hin.“

(Danke ChatGPT. XD)